A história deste clube começa em 1989 quando o Gil Gonçalves e um pequeno grupo de 4 amigos se deslocam a Madrid para tirar o curso de parapente na Escola Cirrus, do famoso Laureano Casado, mantendo a partir daí uma prática regular da modalidade.
Já no início de 1990, Gil Gonçalves ensinou a voar um outro grupo de amigos, entre os quais se encontrava o Vítor Baía, Luís Serafim e Heitor Araújo, tendo-se juntado também Paulo Moura uns tempos mais tarde. Formava-se assim o núcleo inicial do clube.
O Clube Vertical foi constituído associação desportiva sem fins lucrativos no dia 7 de Março de 1991 pelo Cartório Notarial de Coimbra e publicado em Diário da República, nº 86 13-4-1991,III série/6555 com a identificação de pessoa coletiva nº 502585820.
É em 1991 que se inicia a formalmente a formação de novos pilotos, através da criação da escola de parapente do Clube Vertical. Em 1993 inicia-se uma colaboração direta com o INATEL, tendo sido então criada a escola de parapente do INATEL em Linhares da Beira. Assim, entre 1992 e 2003 os formadores dessa escola foram sempre associados do Clube e a maioria dos formandos que terminaram o curso continuou a voar.
A estrutura técnica do Clube constituía também um núcleo organizativo dos Opens de Parapente de Linhares da Beira, entre 1992 e 2003. De realçar que o I Open de Parapente, organizado em Agosto de 1992, lançou o programa “INATEL também é Aventura” e contou na altura com um número excecional de inscrições nacionais e estrangeiras (aproximadamente 150 pilotos), tendo sido um marco e o grande arranque no crescimento da modalidade em Portugal. Outro feito aconteceu no Open de 1994 tendo sido batido o Record Europeu de Distância Livre da altura (202,4Km com aterragem a norte de Zamora), conseguido por John Silvester e Miguel Penedo.
A descoberta e a dinamização de locais de voo em Portugal bem como a sua divulgação no estrangeiro é outro dos objetivos do Clube Vertical. Serra de Bornes, Arganil, Covilhã, Linhares da Beira, Meimoa, Minde, Rabaçal, Redinha, Seia, Azinha e Vale de Amoreira (Manteigas) são alguns desses locais de voo.
Os primeiros locais de prática do Clube eram na zona de Coimbra, Redinha e Rabaçal, entre 1990 e 1992. Entre 1992 e 2003, o principal polo de ação do clube estava centrado em Linhares da Beira, ainda que o clube estivesse sediado em Coimbra até 1994, passando depois para Linhares da Beira. A partir de 2004 passou a estar sediado no concelho de Manteigas, e além de continuar a voar regularmente em Linhares da Beira, passou a dinamizar os voos a partir das descolagens da Azinha e Vale de Amoreira, descolagens que tinham sido descobertas e intervencionadas entretanto pelos membros do Clube. A partir dessa altura, as competições organizadas passaram a realizar-se sempre nesta zona de Manteigas, tendo sido uma etapa final da Taça do Mundo (PWCA) em 2005, Provas do Campeonato Nacional (que foi também Pré Taça do Mundo em 2004, 2005, e 2012), o Open Nórdico em 2011 e os British Open em 2013 e 2016.
O enquadramento regular dos pilotos nos voos nesta zona permitiu que o record nacional de distância livre fosse batido a partir desse local quase todos os anos.
Desde sempre que o Clube Vertical esteve associado à organização e dinamização do parapente em Portugal, tendo sido em 1996 um dos sócios fundadores da Federação Portuguesa de Voo Livre (FPVL), entidade que tutela a modalidade em Portugal. Colaborou também na na elaboração dos regulamentos de competições, de instrução e parapente bilugar da FPVL, tal como acompanhou os trabalhos de reconhecimento e regulamentação do voo livre no Parque Natural de Serra de Aire e Candeeiros em conjunto com elementos da direção da FPVL e técnicos desta área protegida. Em 2001, face ao historial, à dinâmica e representação, e à atividade intensa e participada do clube, diversos associados e membros dos seus órgãos sociais, foram convidados para integrar os órgãos sociais da FPVL, com destaque para a direção, nos cargos da Vice-presidência e Tesouraria e cargos técnicos, como de selecionador Nacional. Foram 4 anos intensos de colaboração com a FPVL, incluindo a organização do Campeonato do Mundo de Parapente 2003, em Montalegre. Atualmente é a segunda maior associação de parapente nacional, sendo sócio efetivo de plenos direitos desta federação.A massa associativa do clube tem um caráter nacional, sendo constituída maioritariamente pelos alunos formados pela própria escola, mas contando também com a adesão de outros pilotos que se identificam com o espírito revelado pelo clube.